谶纬之学作为一种社会思潮，兴起于西汉哀、平之际，盛行于东汉时期。东汉的创立者光武帝刘秀曾利用“刘秀发兵捕不道，四夷元集龙斗野，四七之际火为主”的谶语起事，推翻王莽政权，重建刘氏王朝。他即位后，便“宣布图谶于天下。”经过明、章二帝的扶植，谶纬一时成为显学。“儒者争学图纬，兼复附以妖言。”谶纬对于王权既有有利的一面，也有不利的一面，它既宣扬君权神授观念，同时又隐含着以神权压王权的思想。某些阴谋家常常利用这一点借谶纬惑众，从事争夺皇位的活动。封建统治者终于发现，谶纬之学弊多利少，不能有效地维护皇权、稳定政局。至南朝宋始，已采取禁谶措施。隋炀帝曾下令焚毁谶纬之书，严禁造谶、传谶。从此以后，谶纬之学这个从今文经学衍生出来的怪胎便逐渐地销声匿迹了。

到西汉末年，今文经学独尊的地位开始动摇，与今文经学抗衡的古文经学逐渐抬头。古文经学的旗帜是由今文经学家刘向之子刘歆（？～）举起来的。在刘歆之前，古文经虽有传本，但未立博士，不列于学官。刘歆承继父业在秘府里校书，得读古文经《春秋左氏传》，大为喜好，遂放弃今文经学立场，着手建立古文经学章句体系。刘歆向哀帝建议将古文经《左氏春秋》、《毛诗》、《古文尚书》、《逸礼》等立于学官，遭到属于今文经学派的太常博士们的一致反对，拉开了今、古文经学两大派论争的序幕。这次起奏刘歆没有达到目的。到平帝时，刘歆在权臣王莽的支持下，终于实现了自己的设想，立了五个古文经博士。从此，古文经学得以同今文经学分庭抗礼。王莽篡政后，古文经学大兴，影响超过今文经学。光武帝刘秀重振汉业，古文经学一度遭废。时过不久，到东汉中叶古文经学东山再起，又一次压倒今文经学，并迅速发展到鼎盛时期，涌现出卫宏、贾逵、马融、许慎等卓有成就的古文经学大师。尤其是许慎的《说文解字》和《五经异义》，对于古文经学学术地位的确立起了很大作用。当时治古文经学的儒生很多，仅马融门下的弟子就有数千人之多。

古文经学同今文经学一样，也是为当时的政治服务的。许慎声称：“文字者，经义之本，王政之始。”不过，古文经学不像今文经学那样恣肆，学风比较严谨。古文经学家讲究名物训诂，史实考证，斥责今文经学的怪诞与虚妄，一定程度地恢复了古典儒学的理性主义精神，纠正了今文经学的独断主义倾向。因此，古文经学压倒今文经学并非偶然。古文经学确实有浓厚的功底和学术上的优势。古文经学家为了准确地解释儒家经典，对文字学、音韵学、文献学、训诂学作了相当科学的研究，取得了一些学术成就。这为后人开展学术研究和整理文化遗产打下了良好的基础。但古文经学那种“故纸堆讨生活”的研究方式，对儒家思想的发展也起到了限制、束缚的作用。古文经学在理论上贡献不大，没有产生出董仲舒那样的思想家。

古文经学与今文经学两派互相攻讦，各言其是，使儒生们莫知所从。鉴于这种情况，东汉末年郑玄（～）以古文经学为宗，兼采今文经学之说，遍注群经，自成一家之言。据《后汉书·郑玄传》载：“凡玄所注《周易》、《尚书》、《毛诗》、《仪礼》、《礼记》、《论语》、《孝经》、《尚书大传》、《中候》、（乾象历》，又著《天文七政论》、《鲁礼裕袷义》、《六艺论》、《毛诗谱》、《驳许慎五经异义》、《答临孝存周礼难》凡百余万言。”郑学的出现使汉代长期存在的今文经学与古文经学的争论宣告平息。郑学得到广大儒生的推崇，从游者甚众，使经学暂时形成统一的局面。所以，郑学又有“通学”之称。

郑学虽然化解了古文经与今文经两派的对立，但并未解除经学面临的危机。第一，郑玄相信谶纬，常常以谶纬附会经说，未能冲破独断主义的迷雾恢复儒学的理性主义精神；第二，郑玄未能遏止经学日益繁琐的趋势，经学越来越变得令人生厌；第三，在东汉末年读经不再是作官的途径，士人不再热衷于此道。由于这些原因，汉代经学无可挽回地衰落了。

儒释道

从魏晋迨至隋唐，儒学虽仍被立为官学，可是已失去其在思想界的独尊地位。儒学与佛教、道家竞长争高，从佛道两家吸收思想材料来丰富自身，成为这一时期儒学发展的新特点。

魏文帝以后，“九品中正”制代替了汉代的经术取士制度，经学不再成为猎取功名的工具，读经的儒生大为减少。不过，经学的传统并没有中断，仍有一些学者以治经为业，并出现了一些经学大师。首先站出来向郑学挑战的经学大师是王肃（～）。王肃据说是伏生的十七传弟子，治过今文经学；他又是古文经大师马融的学生，是一位兼通古、今文的经学家。他试图打破郑学的一统天下。他虽反对郑学，但走的治学路子同郑玄倒是一致的，也是杂糅今、古文经两派的学说，寻求统一的经学。不过，凡郑学主古文经学的地方，他都改从今文经；凡郑学主今文经的地方，他都改从古文经，以这种办法推倒郑学，树立自己的权威。他还编造《孔子家语》和《孔丛子》，假托孔子的名义攻击郑学。在魏正元（～）年间，王学尚不能替代郑学；到司马氏掌权，身为晋武帝的外祖父的王肃有了政治力量为靠山，终于压倒郑学。到东晋时期，郑学复兴，再次超过王学。在魏晋时期，郑学与王学之争取代了今、古文经学之争，成为经学发展的主要内容。但王、郑之学的争论并不是魏晋时期经学的全部内容。在这两派之外，还涌现出王弼的《周易注》和《周易略例》、何晏的《论语注》、杜预的《左传注》、范宁的《谷梁传集解》以及梅赜呈出的伪传古文《尚书》等一批有影响的经学著作。

南北朝时期经学分为南学和北学两派。南学受玄学影响较大，重文辞不重经术；北学受玄学影响小，拒斥老庄，学风朴实。无论是南学还是北学都倡导义疏，这与以明经为主的汉代经学大相径庭。